Dal punto di vista distributivo lo sviluppo progettuale è consistito nello strutturare le nuove sale destinate a mostre temporanee e nel legarle in maniera organica in un percorso museale fruibile fluidamente.

All’interno della Torre di Ferro sono state collocate – su cinque livelli – le sale destinate ad ospitare le esposizioni temporanee e le altre iniziative previste dal progetto scientifico.

Al suo esterno sono state poste le scale e l’ascensore che distribuiscono al percorso museale di Palazzo Pepoli, che verrà restaurato e ripulito da tutte le superfetazioni che si sono susseguite nel corso degli anni.